Deux directives européennes constituent le fondement du réseau Natura 2000. Elles ont pour objectif la conservation de la faune, de la flore et des habitats menacés :
- La directive « Oiseaux » (1979)
Vise la conservation à long terme d'espèces d’oiseaux sauvages grâce à la protection des habitats nécessaires à leur reproduction et à leur survie. Elle identifie 181 espèces rares ou menacées à l'échelle de l'Europe (espèces de l’annexe I).
Les zones désignées au titre de la directive « Oiseaux » sont appelées « Zones de Protection spéciales » (ZPS).
- La directive « Habitats » (1992)
A pour but la conservation de milieux naturels et d'espèces, végétales et animales, reconnus comme rares et menacés au niveau européen (Annexes I et II de la directive). La directive habitat permet de favoriser le maintien de la biodiversité, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales de chaque site.
Les zones ainsi désignées sont des « Zones Spéciales de Conservation » (ZSC).
Certains espaces d'une richesse particulière sont désignés à la fois en ZPS et ZSC.